C'est en 1997 que le Drakkar prenait place dans la LHJMQ, portant à 15 le total d'équipes dans le circuit à cette époque.
 
Sous le règne de Richard Martel à titre d'entraîneur en chef, cette franchise a remporté deux championnats de conférence (2000-01 et 2002-03) et un championnat de Ligue en 2002-03 après avoir gagné 50 parties.

En 2006-07, avec une récolte de 125 points, François Bouchard devient le 2e joueur du Drakkar à se mériter le trophée Jean-Béliveau à titre de meilleur pointeur de la LHJMQ en saison régulière. Il succédait ainsi à Joël Perrault (116 points | 2002-03). Toutefois, le record de points en une saison demeure celui de Yanick Lehoux (135 | 2000-01).

Lors de la saison 2013-14, le Drakkar signait le 2e championnat de saison régulière de son existence, alors qu'il était dirigé par Eric Veilleux. En séries éliminatoires de 2013 et 2014, la formation de la Côte-Nord a atteint la grande finale de la LHJMQ. Toutefois, ils n'ont pu mettre la main sur la Coupe du Président s'inclinant successivement face à Halifax et Val-d'Or.

Les plus grands noms de l'histoire de cette concession : Yanick Lehoux, Richard Martel, Maxime Fortunus, Jean-François Jacques, Patrick Thoresen, François Bouchard, Gabriel Bourque, Philippe Cadorette, Jérémy Grégoire, Eric Veilleux...